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Buchstabencode

Die Buchstabencodes der Aminosäuren in einer Übersicht.



Der Buchstabencode ist ein in Chemie und Biochemie verwendetes Abkürzungssytem für Aminosäuren in Aminosäure-Sequenzen, wie zum Beispiel den Peptiden. Dazu wird jeder Aminosäure ein Kürzel aus einem bzw. aus drei Buchstaben zugeordnet, der eine Aminosäure eindeutig bestimmt.

Der Dreibuchstabencode einer Aminosäure ergibt sich aus seinem Trivialnamen und besteht in der Regel aus den ersten drei Lettern, wobei der erste Buchstabe groß, die anderen beiden zwingend klein geschrieben werden.

Ein 3-Buchstabencode wird zur Darstellung von langen Aminosäurenketten - wie zum Beispiel der Proteine - schnell unübersichtlich. Daher hat sich im Laufe der Zeit ein Einbuchstabencode etabliert, der viel prägnanter und vor allem sinnvoll bei der Zusammenfassung großer Datenmengen, beim Vergleich von Sequenzen und bei der Anwendung entsprechender Computertechniken ist.

Allerdings ist ein 1-Buchstabencode auf den ersten Blick weniger leicht verständlich und dessen Decodierung erfordert ein wenig Erfahrung - besonders, weil die verwendeten Kürzel weniger leicht mit der dazugehörigen Aminosäure assoziiert werden können (z. B.: K = Lysin).

 

Anwendung des Codes

Bei Verwendung des Einbuchstabencodes beginnt die Sequenz (linkes Ende) mit demjenigen Aminosäure-Rest, der die freie Amino-Gruppe trägt. Entsprechend befindet sich am Ende (rechts) der Rest mit der freien Carboxyl-Gruppe.

 

Buchstabencodes der Aminosäuren

Die nachfolgende Tabelle zeigt die jeweiligen Buchstabencodes (BCode) zu den einzelnen Aminosäuren sowie die Benennung der dazugehörigen Aminosäure-Reste.

[Sortierbare Tabelle durch 'Click' auf Spaltenkopf]

Aminosäure Summenformel 1-BCode 3-BCode Rest
AlaninC3H7NO2AAlaAlanyl-
ArgininC6H14N4O2RArgArginyl-
AsparaginC4H8N2O3NAsnAsparaginyl-
AsparaginsäureC4H7NO4DAspα-Aspartyl-
CysteinC3H7NO2SCCysCysteinyl-
GlutaminC5H10N2O3QGlnGlutaminyl-
GlutaminsäureC5H9NO4EGluα-Glutamyl-
GlycinC2H5NO2GGlyGlycyl-
HistidinC6H9N3O2HHisHistidyl-
IsoleucinC6H13NO2IIleIsoleucyl-
LeucinC6H13NO2LLeuLeucyl-
LysinC6H14N2O2KLysLysyl-
MethioninC5H11NO2SMMetMethionyl-
PhenylalaninC9H11NO2FPhePhenylalanyl-
ProlinC5H9NO2PProProlyl-
PyrrolysinC12H21N3O3OPylPyrrolysyl-
SelenocysteinC3H7NO2SeUSecSelenocysteinyl-
SerinC3H7NO3SSerSeryl-
ThreoninC4H9NO3TThrThreonyl-
TryptophanC11H12N2OWTrpTryptophyl-
TyrosinC9H11NO3YTyrTyrosyl-
ValinC5H11NO2VValValyl-

 

Darüber hinaus werden verschiedene Kürzel verwendet, die stellvertretend entweder für eine unbekannte oder für mehrere aus einem Satz von Aminosäuren eingesetzt werden. Diese Platzhalter kommen vor allem dann zum Einsatz, wenn durch die chemische oder kristallografische Analyse einer Aminosäure-Sequenz die Identität eines Rests nicht oder nicht ausreichend geklärt werden konnte.

 

1-BCode 3-BCode Code für Anwendbar für
XXaa
(Unk)
Irgendeine AminosäureAlle Aminosäuren
BAsxAsparagin oder
Asparaginsäure
D, N
ZGlxGlutamin oder
Glutaminsäure
E, Q
JXleLeucin oder
Isoleucin
I, L
Ψ Aliphatische ResteI, L, M, V
Ω Aromatische ResteF, H, W, Y
ΦHydrophobe ResteF, I, L, M, V, W, Y
ζHydrophile ResteD, E, H K, N, Q, R, S, T
ΠKleine ResteA, G, P, S
+Positiv geladene ResteK, R, H
-Negativ geladene ResteD, E

 

Die Aminosäuren und deren Codes in Bildern

... sortiert nach aufsteigendem 1-Buchstabencode.

Alanin
Cystein
Asparaginsäure
Glutaminsäure
Phenylalanin
Glycin
Histidin
Isoleucin
Lysin
Leucin
Methionin
Asparagin
Pyrrolysin
Prolin
Glutamin
Arginin
Serin
Threonin
Selenocystein
Valin
Tryptophan
Tyrosin

 

Siehe auch: Codon-Tabelle.

 

Quellen und weitere Informationen

[1] - IUPAC Nomenklatur: 3AA-20 to 3AA-21:
The One-Letter System.
Nomenclature and Symbolism for Amino Acids and Peptides

[2] - IUPAC Nomenklatur: 3AA-14 to 3AA-16:
The Three-Letter System.
Nomenclature and Symbolism for Amino Acids and Peptides

 


Kategorie: Daten und Tabellen

Aktualisiert am 25. Mai 2021.



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